1929 yılında İzmir'de doğan Şakir Eczacıbaşı, Robert Kolej'deki öğreniminden sonra, Londra Üniversitesi Eczacılık Okulu'unda okudu. Türkiye'ye dönüşü sonrası 1953'te Vatan gazetesinin ünlü Sanat Yaprağı ekinin yayıncıları arasında yer aldı.
Eczacıbaşı İlaç Kuruluşu'na 1955'te katılan Eczacıbaşı, 1956-1967 yılları arasında, bilim çevreleri kadar sanat ve kültür çevrelerinde de geniş yankılar uyandıran Tıpta Yenilikler dergisini yayımladı. Ayrıca, uluslararası şenliklerde ödüller alan Eczacıbaşı Kültür Filmleri dizisini 1960-1962 döneminde Sabahattin Eyuboğlu ve Pierre Biro ile birlikte hazırladı. Bunlardan Renk Duvarları 1964 yılında Avrupa Konseyi'nin Kültür Filmleri Ödülü'nü kazandı.
1965'te, Onat Kutlar'la birlikte Türk Sinematek Derneği'nin kuruluşuna öncülük etti ve on yıl süreyle başkanlığını yaptı.
İş yaşamında 1970'li yıllarda Eczacıbaşı İlaç kuruluşunun genel müdürlüğüne gelen Şakir Eczacıbaşı, 1980'de Eczacıbaşı Topluluğu yürütme kurulu başkanı, 1993'te de Eczacıbaşı Holding yönetim kurulu başkanı oldu.
1966 yılında kurduğu basketbol, voleybol ve masa tenisi takımları birçok kez Türkiye şampiyonluğu kazandı. Yıllarca Avrupa kupalarında Türkiye'yi temsil eden Eczacıbaşı Spor Kulübü'nün 1996 yılına değin başkanlığını sürdürdü.
Fotoğraf sanatıyla ilk kez 1960'larda ilgilenmeye başlayan Şakir Eczacıbaşı, yapıtlarıyla yurtiçi ve yurtdışında büyük ilgi çekerek çağdaş fotoğraf sanatçıları arasında seçkin bir yer elde etti. Türkiye'de on beş, çeşitli batı ülkelerinde yirmi beş fotoğraf sergisi düzenledi; seçme fotoğraflarını içeren Anlar/Moments (1983), Türkiye Renkleri (1997), Kapılar ve Pencereler (2001) ve Bir Seçki: 1965-2005 (2005) kitapları yayımlandı.
1968'den başlayarak Türkiye: Bir Portre, İstanbul Görüntüleri, Türkiye'den İnsan Manzaraları, Balıkçılar, Evler, Yollar… Sokaklar..., Çarşılar... Pazarlar..., Kahvehaneler temalı, seçkin yazar ve fotoğraf sanatçılarının yer aldığı Eczacıbaşı Renkli Fotoğraf Yıllıkları'nı hazırladı. Bu yayınlarda bilinmeyen birçok genç fotoğrafçıyı da tanıttı. Bernard Shaw'dan Gülen Düşünceler, Oscar Wilde'dan Tutkular, Acılar, Gülümseyen Deyişler adıyla yaptığı derleme kitapları büyük ilgi uyandırdı.
Şakir Eczacıbaşı, 1972 yılında, Abdi İpekçi'nin isteği üzerine, Milliyet Sanat dergisinin kuruluşuna da öncülük etti.
Fransa'nın Sanat ve Edebiyat Şövalyesi Nişanı ve TC Devlet Üstün Hizmet Madalyası ile ödüllendirilen Şakir Eczacıbaşı, 1996'da iş yaşamından ayrıldı ve 1973 yılında Dr. Nejat F. Eczacıbaşı önderliğinde kurulan ve yıllar içinde Türkiye'nin kültür-sanat yaşamına yön veren, en büyük kültür-sanat kurumu olan İstanbul Kültür Sanat Vakfı'nın yönetim kurulu başkanı oldu ve vakfın kurumsallaşmasında büyük rol oynadı.
Çalışmalarına "İstanbul Festivalleri" başlığı altında, bir buçuk ay süren tek bir festival düzenleyerek başlayan İKSV, on altı yılı aşkın bir süre vakfın yönetim kurulu başkanlığını sürdüren Şakir Eczacıbaşı'nın önderliğinde, uluslararası ölçekte beş festival düzenleyen bir kurum olarak önemini perçinledi. 1980 sonrasında başlatılan Sinema Günleri'nin kısa zamanda Uluslararası İstanbul Film Festivali'ne dönüşmesi ve Avrupa'nın sayılı film festivalleri arasında bugünkü saygın konumuna gelmesi Şakir Eczacıbaşı'nın bizzat festivale verdiği emek sayesinde gerçekleşti. Eczacıbaşı ayrıca, 1988 yılından bu yana Festival filmlerinin sansürsüz olarak sinemaseverlerle buluşmasına da önayak oldu. Kısıtlı olanaklara rağmen yurtiçi ve yurtdışında dinamizmi ve içeriğiyle büyük saygınlık kazanan Uluslararası İstanbul Tiyatro Festivali'nin 1989 yılından bu yana devam ediyor olmasında da büyük payı bulunuyor.
Ülkemizde yeni, planlı ve verimli bir "kültür yaşamı" yaratılması gerektiğine inanan Şakir Eczacıbaşı, İKSV'deki çalışmalarına ek olarak Türkiye'nin düşünce ve kültür yaşamının önde gelen isimleriyle birlikte Kültür Girişimi'ni kurdu. Kültür Girişimi, 1998 yılından bu yana yedi önemli kültür sempozyumu gerçekleştirdi. Bu sempozyumlarda yürütülen tartışmaları içeren değerli kitaplar da İKSV tarafından yayımlandı.
Şakir Eczacıbaşı, sanatseverler için sanat ile tasarımın buluştuğu özel ve sınırlı sayıda armağan eşyalar hazırlayan İKSV Tasarım'ı hayata geçirdi ve dört yıllık büyüme sürecinde, seçilen sanatçılardan yapılan tasarımlara kadar en küçük ayrıntıyla bizzat ilgilendi.
Nejat Eczacıbaşı'nın İKSV’ye ait bir mekân yaratma yolunda attığı adımları tamamlayarak vakfa Şişhane’deki yeni binasını kazandıran Şakir Eczacıbaşı, 2010 yılında hayatını kaybetti. Düzenlediği kültür-sanat etkinlikleriyle ve kültür politikaları alanındaki çalışmalarıyla İKSV, on altı yıl boyunca yönetim kurulu başkanlığını yürüten Şakir Eczacıbaşı’nın anısını yaşatmaya, yapıcı, yaratıcı, yenilikçi ve öncü rolünü daha da ileri taşıyarak devam edecek.
Şakir Eczacıbaşı'nın anılarını derlediği Çağrışımlar, Tanıklıklar, Dostluklar adlı kitabı 2010 yılında Remzi Kitabevi'nden yayımlandı.